Πρόκειται για ένα από τα σπουδαιότερα καλοδιατηρημένα παλαιοχριστιανικά μνημεία που βρίσκονται στην ελληνική επικράτεια και μάλιστα το μεγαλύτερο σε μέγεθος. Σύμφωνα με την παράδοση το αρχικό κτίσμα του ναού αυτού ήταν έργο του Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Μέγα και Αγίου Κωνσταντίνου προς εκπλήρωση επιθυμίας της μητέρας του, της Αγίας Ελένης. Στο σημείο αυτό αναφέρεται ότι κατά το ταξίδι της Βασιλομήτορος Ελένης προς τους Αγίους Τόπους λόγω μεγάλης θαλασσοταραχής το πλοίο που επέβαινε αναγκάσθηκε να καταφύγει στη Πάρο. Εκεί προσευχόμενη η Αγία Ελένη στην Παναγία, προστάτιδα της Κωνσταντινούπολης, έταξε με την ολοκλήρωση του ταξιδιού της να κτίσει μια μεγαλόπρεπη εκκλησία αφιερωμένη στη Κοίμηση της Θεοτόκου. Το τάμα αυτό ήταν που υλοποίησε ο γιος της Μέγας Κωνσταντίνος χτίζοντας μια τρίκλιτη βασιλική περί τον 4ο αιώνα.

Επί εποχής του Αυτοκράτορα Ιουστινιανού (6ος αιώνας) ο ναός αυτός ανακαινίσθηκε με τροποποιήσεις των παλαιοχριστιανικών τμημάτων και ανακατασκευές κατά τις οποίες αφαιρούμενη η παλαιά σκεπή προστέθηκε τρούλος με ημιθόλια. Κατά την παράδοση τις μετατροπές αυτές έκανε μαθητής του αρχιτέκτονα της Αγίας Σοφιάς που ξεπέρασε στη τέχνη και τον δάσκαλό του.

Τελικά με τις διάφορες μετατροπές και προσθήκες το κτιριακό πλέον συγκρότημα της Εκατονταπυλιανής, αναδείχθηκε σ΄ ένα σύμμεικτο αρχιτεκτόνημα με παλαιοχριστιανικά, βυζαντινά ακόμα και μεταβυζαντινά στοιχεία αρχιτεκτονικής, που προστέθηκαν κατά καιρούς και που αποτελούν μια ιδανική περίπτωση μελέτης τους. Λαμβάνοντας δε υπόψη ότι οι πρώτοι Χριστιανοί επέλεγαν τόπους αρχαίων ναών με τα δομικά υλικά των οποίων κατασκεύαζαν τους δικούς τους ναούς, το συγκρότημα της Εκατονταπυλιανής περιλαμβάνει επίσης και μαρμάρινα μέρη από την αρχαιότητα αναδεικνύοντας έτσι μια συνέχεια από εκείνη την εποχή μέχρι σήμερα. Σημειώνεται ότι στην αρχαιότητα αμέσως μετά τη Δήλο τα περισσότερα ιερά θεοτήτων σε νησιά βρίσκονταν στη Πάρο και την Νάξο.

Και οι δύο ονομασίες του ναού "Εκατονταπυλιανή" και "Καταπολιανή" φέρονται σε παράλληλη χρήση από τα μέσα του 16ου αιώνα, η επίσημη όμως ονομασία είναι Εκατονταπυλιανή, όπου σύμφωνα με την παράδοση 99 πύλες (πόρτες) είναι φανερές ενώ η 100η θα φανερωθεί με το άνοιγμα αντίστοιχης μυστικής πόρτας που βρίσκεται στην Αγιά Σοφιά.

Ανεξάρτητα όμως της παραπάνω παράδοσης, ετυμολογικά το όνομα Εκατονταπυλιανή ή Εκατομπυλιανή, ή Καταπολιανή, κατά συγκοπή του πρώτου, σημαίνει χώρο γενικά (εν προκειμένω εκκλησία) που έχει εκατό πύλες. Θυμίζει δε τις «Εκατόμπυλες Θήβες» της αρχαιότητας που είχε ψάλλει και ο Αισχύλος. Μάλιστα και ο Όμηρος με αυτή την ονομασία χαρακτήρισε τις Θήβες της Αιγύπτου που λόγω μεγέθους, πολύ πιθανόν να είχε είτε πενήντα πύλες που αθροιζόμενες εισόδου – εξόδου θεωρούνταν εκατό, ή και πραγματικά εκατό που ως αριθμός ήταν στην Αίγυπτο ιερός, ή ακόμα και την Εκατόμπυλο που ήταν μια ελληνιστική πόλη στην Παρθία.

Παρότι άλλος παρόμοιος χαρακτηρισμός δεν αναφέρεται για άλλο οικοδόμημα ή πόλη στη νεότερη ελληνική γλώσσα εκτός του ιστορικού αυτού ναού, μάλλον θεωρείται τούτο ως διακοσμητικό επίθετο ίσως από τον μεγάλο αριθμό αψιδωτών αρχιτεκτονημάτων που δίνουν την εικόνα πλήθους πυλών που η ελληνική παράδοση να περιέπλεξε.